Fellaini có cha mẹ là người Maroc đến từ Tangier và lớn lên tại Brussels.[33] Cha của anh, Abdellatif, là một cựu thủ môn của câu lạc bộ Raja Casablanca và Hassania Agadir. Ông từng ký hợp đồng với câu lạc bộ Racing Mechelen của Bỉ nhưng không thể thi đấu cho đội bóng do câu lạc bộ cũ từ chối cung cấp giấy tờ cho ông. Thay vì quay trở về Maroc, ông đã ở lại và nhận công việc tài xế xe buýt cho STIB.[34] Ông sau đó đã giải nghệ sớm để có thể theo dõi sự nghiệp của con trai mình.[6] Fellaini là một tín đồ Hồi giáo.[35]